Notre ou plutôt nos microbiotes

Notre corps héberge un ensemble important de micro-organismes (bactéries, levures, champignons, virus…) qui représente un poids moyen d’environ 2 kg, de pas moins de cent mille milliards de bactéries, ce qui représente presque autant que le nombre de cellules de notre corps (NB : on a souvent parlé de 10x plus mais c’est une estimation qui était erronée, voir l’article de Sender et al. 2016) On parle de microbiote pour designer cette population bactérienne, ou plus exactement des microbiotes au pluriel. En effet si le microbiote intestinal, localisé dans le tractus gastro-intestinal principalement dans le colon, représenterait 90% de la population totale (10E11 bactéries par gramme de contenu digestif), il existe aussi un microbiote cutané, un vaginal et même un utérin (distinct de celui du vagin, longtemps resté inconnu, on pensait que l’utérus était stérile – Moreno et al. 2016), …

Chez un individu en bonne santé, les microbiotes sont à l’équilibre avec le corps c’est-à-dire leur hôte et ils dialoguent entre eux et avec nos cellules en permanence exerçant des effets bénéfiques locaux et à distance. Ils participent à notre bonne santé globale, importants pour notre digestion mais pas que, impliqués dans l’équilibre nerveux, dans le bon fonctionnement de notre immunité et du métabolisme. Un écosystème très organisé en relation de commensalisme avec notre corps.

Les rôles du microbiote intestinal

Les microbiotes – signature de chaque individu

Chacun de nous possède un profil microbien unique. Au même titre que nos empreintes digitales, nous nous distinguons par notre population de micro-organismes. Notre microbiote est modulé par différents évènements facteurs et par son environnement (son mode de naissance par voie naturelle ou par césarienne, s’il a été allaité ou non, la qualité de la diversification alimentaire, son environnement géographique, ses conditions d’hygiène, les épisodes de vaccinations et de maladies, consommation de tabac / alcool / médicaments et antibiotiques…) qui influencent la diversité, la composition et l’activité métabolique du microbiote intestinal tout au cours de la vie.

Les facteurs influençant l’équilibre de nos microbiotes

Un équilibre qui peut être altéré

On distingue dans chaque microbiote 2 types de flore : celle dite résidente ou saprophyte, qui se subdivise en une flore dominante d’espèces commensales « bénéfiques » (90%) et une flore sous-dominante (9%) consistées de certaines espèces pouvant devenir pathogènes lorsque des conditions particulières permettent leur multiplication  excessive; et une flore dite de passage ou résiduelle (1%), qui ne s’implante pas durablement dans le tube digestif et est fluctuante variable en fonction de l’alimentation ingérée notamment.

On parlera de dysbiose quand l’équilibre est perturbé entrainant divers soucis de santé (troubles intestinaux mais aussi problèmes cutanés, articulaires, immunitaires…) dont nous commençons seulement à comprendre les effets.

La question de de l’œuf ou de la poule
Ces modifications du microbiote sont donc observées dans de nombreuses pathologies sans qu’on sache toujours si elles sont causes ou conséquences de la pathologie en elle-même. Nous en sommes encore au tout début de notre compréhension des microbiotes, de leur fonctionnement, de leur mise en place et de leurs rôles.

Dysbiose et troubles hormonaux

Un équilibre modifié entre différentes familles de bactéries a été observé dans de nombreuses pathologies hormonales et des cancers hormono-dépendants.

  • Appauvrissement en bactéries bénéfiques
  • Enrichissement en bactéries pathogènes et pro-inflammatoires
  • Modification d’une sous-population de bactéries intervenant dans le métabolisme des œstrogènes : l’estrobolome et dysrégulation du métabolisme des œstrogènes
Enrichissement en bactéries pathogènes et appauvrissement en bactéries bénéfiques

Dans le cas de l’endométriose notamment, des bactéries pathogènes en quantité excessive ont été retrouvées dans la cavité péritonéale mais aussi identifiées dans le sang menstruel, produisant des métabolites pro-inflammatoires, des endotoxines, des cytokines et des facteurs de croissance qui pourraient être impliquée dans la réaction inflammatoire chronique avec un recrutement des macrophages au niveau des lésions, le développement d’une circulation sanguine alimentant et participant donc au développement des lésions endométriosiques. Cet enrichissement s’est aussi fait au détriment de la flore commensale protectrice, formée principalement de lactobacilles pour la flore vaginale et des firmicutes pour celle intestinale. (Khan et al. 2008, Wei et al. 2020 et Chadchan et al. 2020)

Les mêmes observations ont pu être faites notamment chez des femmes souffrant de cancer du sein hormono-dépendant Des différences de phyla bactériens sont observés (Kwa et al. 2016 ; Parida and Sharma 2019). On a pu observer

     – D’une part une surcroissance de bactéries produisant des métabolites toxiques, pro-oxydants, pro-inflammatoires, mais aussi œstrogen-like (capable de mimer nos œstrogènes endogènes ou de moduler la synthèse de facteurs de croissance activée par les œstrogènes « œstrogen inducible growth factor » comme l’estromedin). Certaines pourraient aussi métaboliser et rendre actifs certains phyto-œstrogènes apportés par l’alimentation (Kolátorová et al. 2018 et Sonestedt et al. 2010 et études en cours actuellement pour comprendre ce qui se passe réellement, les types de phyto-œstrogènes et les bactéries impliquées…).

NOTE : Un article prochain sera dédié aux phyto-oestrogènes, (terme qui peut se traduire littéralement par “œstrogène végétal” et précisera leur rôle modulateur plus que perturbateur de notre système endocrinien et fera la synthèse des études contradictoires que l’ont peur lire sur le sujet.

     – Et d’autre part, la diminution de populations saprophytes bénéfiques produisant notamment des métabolites anti-inflammatoires, protecteurs (comme le butyrate par exemple).

Modification du métabolisme des œstrogènes

En 2011, des chercheurs se sont penchés sur une sous population bactérienne de l’intestin entérique qu’ils ont appelé l’estrobolome (Plottel et al. 2011). Un groupe de bactéries capables de métaboliser les œstrogènes, les hormones sexuelles dites féminines. Scientifiquement ce sont des bactéries qui possèdent toutes une activité β-glucuronidase, que nous allons expliciter après, et l’estrobolome correspond plus justement à l’ensemble des gènes microbiens impliqués dans le métabolisme des œstrogènes (112 ont été identifiés jusqu’à aujourd’hui appelés gènes GUS). Ces bactéries appartiennent à plusieurs familles ou phyla et sont surtout des bactéroïdètes, mais il y a aussi des firmicutes, des verrucomocrobies et des protéobactéries.

Des modifications de ce sous-groupe entrainent une dysrégulation du métabolisme des œstrogènes et ont notamment été identifiées en tant que facteur de risque de maladies liées aux œstrogènes comme le cancer du sein post-ménopausique, l’endométriose ou le SOPK mais aussi risque accru d’obésité, résistance à l’insuline et diabète de type II, ou encore de maladies cardio-vasculaires et ostéoporose.

Revenons sur ce métabolisme des œstrogènes. Nos hormones œstrogènes produites notamment lors de la phase pré-ovulatoire du cycle féminin ainsi que celles exogènes (apportées par l’alimentation mais aussi les cosmétiques, les pilules…) sont désactivées par le foie lors d’un processus appelé glucoro-conjugaison, puis libérées dans la bile pour gagner les intestins pour être finalement éliminés par les urines et les selles. Cependant un processus inverse de déconjugaison peut avoir lieu réactivant les œstrogènes et permettant leur réabsorption dans la circulation sanguine au niveau des intestins. Ce processus est permis par des bactéries produisant des enzymes particulières, les beta-glucuronidases que l’on a donc appelé « estrobolome ». Si ce processus est favorisé à la suite d’une sur-population de ces bactéries, il peut engendrer une hyperoestrogénie relative puisque la quantité d’œstrogènes actifs sera alors trop importante dans le corps. Ces œstrogènes remis en circulation peuvent se lier à des récepteurs spécifiques et exercer leur influence sur divers processus physiologiques.

Métabolisme des œstrogènes classique (en haut) versus perturbé par action du microbiote intestinal (bactéries de l’estrobolome). Le foie inactive les œstrogènes en vue de leur excrétion, par des étapes de conjugaison. Cependant une partie des œstrogènes inactivés peut être déconjuguée et donc réactivée sous l’action d’enzymes appelés bêta-glucuronidases produites par des bactéries particulières de l’estrobolome. Ces œstrogènes repassent en circulation générale au niveau des intestins pour y être de nouveau actifs dans l’organisme, augmentent la concentration d’œstrogènes endogènes.

Schémas inspirés de ceux de Colorado University – Food Science and Human Nutrition

Conséquences de cette dysbiose

Chez des femmes souffrant d’endométriose,

les études ont remarqué une diminution nette de bactéries Lactobacilles bénéfiques et plus de bactéries qui produisent des molécules appelées β-glucuronidases favorisant l’hyper-œstrogénie (estrobolome) (Baker et al. 2017), ainsi que des bactéries potentiellement pathogènes qui prolifèrent et qui produisent des métabolites pro-inflammatoires (= favorisant l’inflammation et la sur-activation du système immunitaire) dont Gardnerella, Streptococcus, Escherichia, Shigella and Ureaplasma. La paroi intestinale est, elle aussi, affectée entrainant une hyperperméabilité intestinale (c’est-à-dire la paroi ne remplit plus son rôle de barrière étanche) et d’inflammation chronique et de troubles digestifs.

Une sur-prolifération bactérienne a aussi été retrouvées dans les lésions d’endométriose.

De la même manière dans le cas du SOPK

des chercheurs ont observé une diversité du microbiote significativement appauvrie, notamment celles à l’activité beta-glucuronidase (estrobolome réduit) et une augmentation de bactéries notamment des Clostridium scindens, Prevotella intermedia, Porphyromonas gingivalis et d’autres, capables de stimuler la conversion de stéroïdes an androgènes dont la testostérone (on commence d’ailleurs à parler de « testrobolome » à l’image de l’estrobome, Ridlon et al., 2013, Baker et al. 2017. Clostridium est capable de convertir les glucocorticoïdes en testostérone, Wang et al. 2019), conduisant aux déséquilibres hormonaux caractéristiques du SOPK (biosynthèse accrue des androgènes et une diminution des taux des œstrogènes).

Le lien avec les cancers hormono-dépendants

est également étudié. Les niveaux accrus d’œstrogènes actifs circulants – suite à un estrobolome trop actif – favoriseraient la prolifération cellulaire dans les tissus sensibles aux œstrogènes tels que les seins, l’endomètre, le col de l’utérus et les ovaires. Et une population bactérienne bénéfique appauvrie résulterait en une moindre production de métabolites anti-inflammatoires au détriment de la production par des bactéries pathogènes de molécules pro-carcinogènes, pro-inflammatoires.

Schéma simplifié des différentes conséquences d’une dysbiose sur l’endométriose. Cette dysbiose est-elle « cause ou conséquence » de l’endométriose ? La perturbation du système immunitaire, la présence de cellules souches altérées « progénitrices de lésions endométriosiques », la génétique… sont aussi des facteurs possibles pour expliquer l’apparition de l’endométriose.
Adapté d’un schéma de Jiang et al. 2021

Comment équilibrer nos microbiotes et l’œstrobolome ?

Re-adopter une alimentation équilibrée et adaptée

Le régime alimentaire influence fortement la composition de nos microbiotes, et l’estrobolome n’est pas en reste. Plusieurs facteurs alimentaires peuvent avoir un impact positif sur ce dernier.

L’estobolome se compose de bactéries qui ont pour nourriture principale les fibres. Dans un régime alimentaire favorisant l’apport de fibres, l’estrobolome tend à favoriser la métabolisation des œstrogènes en vue de leur élimination. A l’inverse, en l’absence ou manque de cette nourriture clé, ce sont les pathogènes qui vont avoir tendance à proliférer et notamment une population de bactéries produisant des beta-glucoronidases en excès avec pour conséquence une réabsorption non souhaitée d’œstrogènes réactivés.

Pour commencer, il est possible de :

     – Enrichir son alimentation en fibres notamment végétales (avec point d’honneur pour les fibres des légumes verts quotidiennement), ainsi que des oignon/ail/échalotes, choux sous toutes leurs formes et choucroute et autres aliments fermentés, légumes facto-fermentés, chicorée, asperges, bananes… des aliments prébiotiques riches en fructo-oligosaccharides ou en inuline qui vont aider à favoriser la croissance de bactéries bénéfiques. Les légumes brassicacées = crucifères tels que le brocoli, le chou-fleur, le chou et le chou frisé sont également particulièrement utiles pour réguler les bactéries intestinales bénéfiques pour la détoxification des œstrogènes. Augmenter ses apports alimentaires en bonnes graisses et notamment en oméga 3 (Tomio et al. 2013). Mais n’hésitez pas à vous faire accompagner pour ses adaptations alimentaires, souvent si vous souffrez d’endométriose, SOPK vous pouvez avoir un transit perturbé, ne pas bien assimiler certaines catégories d’aliments, et il sera nécessaire d’y aller en douceur et de manière personnalisée !

     – Réduire son exposition aux toxiques et aux xéno-estrogènes qui sont malheureusement bien trop présents dans notre quotidien (plastiques, produits cosmétiques et ménagers, alimentation polluée et ultra-transformée…)

     – Bouger pour une meilleure santé et notamment hormonale : L’exercice physique régulier modéré est un autre excellent moyen de favoriser l’élimination des toxines, aider le foie à faire son travail de détoxification (et donc notamment d’élimination des œstrogènes) et de réduire le stress pour maintenir un bon équilibre hormonal.

Notre mode de vie et notamment notre alimentation, notre activité physique et la gestion du stress sont tous utiles à l’équilibre de vos hormones. Retrouver de bonnes habitudes de vie et alimentaires peuvent aider à équilibrer nos microbiotes, notre estrobolome et à garder vos hormones en bonne santé, ne jamais les sous-estimer et notamment dans l’accompagnement de l’endométriose, du SOPK, du SPM et des troubles hormonaux ! 

Les recherches sur les microbiotes se sont multipliées ces dernières années, on commence à comprendre l’étendue de leurs rôles et interactions complexes avec différents systèmes du corps. Elles ouvrent des perspectives intéressantes pour de potentielles thérapies de soin « basées sur les microbiotes » et accompagner au mieux les femmes souffrant d’endométriose, de SOPK, de cancer hormono-dépendant et d’autres problématiques hormonales. 

MAIS nous en sommes encore aux balbutiements de la compréhension des interactions bactéries – humain et encore plus sur les bénéfices de la prise des probiotiques. Travailler en collaboration avec un praticien compétent pour personnaliser une approche qui tient compte de votre corps et de vos besoins uniques, et ne vous supplémenter en compléments alimentaires notamment probiotiques sans avis éclairé !

SOURCES

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